El Departamento Agrario es un colectivo de dirección que responde al Consejo Nacional cuya función es velar por la participación activa de los trabajadores del agro o el campesinado en la estructura nacional, territorial y sectorial, de la CGTP, así como fomentar la articulación de los gremios de este importante sector que incluye a las comunidades campesinas andinas y amazónicas. Está constituido las comisiones siguientes:

• Comisión de Cooperativas y productores
• Comisión de asalariados rurales y campesinos
• Comisión de Comunidades Campesinas y nativas
• Comisión de Pequeños Agricultores